Autostart von Programmen nach herunterfahren

Guten Tag allerseits !
Habe ein kleines Problem und wollte Fragen ob mir jemand Auskunft geben kann.
Meinen Computer habe ich so eingerichtet, daß er nach dem Start ein Programm
startet das Daten auf die serielle Schnittstelle schreibt. Wenn ich jetzt
aber neu starte wird dieses Programm 2 mal neu gestartet einmal vom autostart
Ordner aus und einmal von Linux aus, wie ist es möglich letzteres zu
unterbinden bzw. das neu starten von Anwendungen die während des
herunterfahrens laufen zu blockieren ???
Danke im voraus !